静かなる名辞

pythonとプログラミングのこと

2019/03/22:TechAcademyがteratailの質問・回答を盗用していた件
2019/03/26:TechAcademy盗用事件 公式発表と深まる疑念



次元削減

カーネルPCAで文字列の編集距離を可視化してみる

はじめに 以前に編集距離が計算された文字列間の位置関係をMDSを使ってまったく同じことをしましたが、今度はカーネルPCAでやってみます。 違いとしては、MDSは距離行列から計算を行うのに対してカーネルPCAは類似度行列から計算を行えるということがあると…

多次元尺度構成法(MDS)で文字列の編集距離を可視化してみる

はじめに ベクトルとして表現するのが難しいけど、個体間の距離(非類似度)は定義できる……というデータがたまにあります。こういうとき、多次元尺度構成法を使うと可視化がうまくいきます。 ということで、編集距離を可視化してみようと思います。 データ h…

sklearnとmatplotlibでiris(3クラス)の予測確率を可視化した話

はじめに よく分類器の性質などを把握するために、2次元で可視化している図があります。 特に予測確率なんかを平面的に出せるとかっこいいですよね。つまり、こういうのです。scikit-learn.org以前の記事より君はKNN(k nearest neighbor)の本当のすごさを…

【python】高次元の分離超平面をなんとか2次元で見る

はじめに 分類器の特性を把握するために2次元データで分離超平面を見るということが行われがちですが、高次元空間における分離器の特性を正確に表している訳ではありません。 ということがずっと気になっていたので、なんとか高次元空間で分類させて2次元で…

【python】PCAと非負値行列因子分解のバイプロットを見比べる

はじめに 非負値行列因子分解は負の値が出現しないような行列に対して行える分解で、主成分分析とか因子分析に似ています。 参考: qiita.com 上の記事によると、いいところとしては、 非負なので現実のデータに向く 非負なので解釈が楽 さらにスパースにな…

【python】sklearnのFeatureAgglomerationを使ってみる

はじめに FeatureAgglomerationは階層的クラスタリングを用いた教師なし次元削減のモデルです。特徴量に対して階層的クラスタリングを行い(つまり通常のサンプルに対するクラスタリングと縦横の向きが入れ替わる)、似ている特徴量同士をマージします。マー…

【python】sklearnのSparsePCAを使ってみる

はじめに SparsePCAというものがあることを知ったので、使ってみようと思います。 SparsePCAとは? その名の通り、スパースな主成分分析です。スパースな主成分ベクトルを推定します。Sparse PCA - Wikipedia 原理などは理解しないで、カジュアルに使えるか…

【python】複数の特徴をまとめるFeatureUnion

単一の入力データから、複数の処理方法で幾つもの異なる特徴量が得られる・・・というシチュエーションがある。 この場合、「どれが最善か」という観点でどれか一つを選ぶこともできるけど、そうすると他の特徴量の情報は捨ててしまうことになる。総合的な性…

【python】SOMのライブラリSomocluはかなりおすすめ

SOM(Self-organizing maps:自己組織化写像)は割と古めの、データの可視化手法です(それ以外にも使えると思いますが)。 今回はpythonのSOMライブラリSomocluを使ってみたら、けっこう良かったというネタです。 目次 SOMの概要 ライブラリがない それでも頑…

【python】sklearnで因子分析を試す

pythonで因子分析をやる人はあまりいないようだが、sklearnにはしっかりモデルが存在している。ついさっき気づいた。sklearn.decomposition.FactorAnalysis — scikit-learn 0.20.1 documentation 因子分析自体は前からどんなものなのか興味があり、かといっ…

【python】pythonで主成分分析のバイプロット

バイプロット(Biplot)という主成分分析(PCA)の結果の可視化方法があります。 すごく大雑把に言うと、PCAによる写像の前の空間の各特徴(軸)が写像先の空間のどこに向いているかを可視化する方法です。 具体的には、主成分ベクトル(因子負荷量などを使…

【python】numpyで主成分分析を実装してみた

numpyでPCA(principal component analysis:主成分分析)を実装してみました。自分の理解を深めるためです。 sklearnに実装されているものと同じ結果を出すことを目標にしました。最終的には上手く行きました。 目次 概要 実装 結果 まとめ 概要 主成分分析…

【python】カーネル主成分分析を試してみる

カーネル主成分分析(Kernel PCA)はカーネル法と主成分分析を組み合わせて用い、データを非線形次元圧縮する方法です(こんな説明で良いのか・・・)。 カーネル法のことは勉強中・・・というか正直勉強しようとしてもよくわからないで跳ね返されるのをこれ…

【python】sklearnのPCAで相関行列を使う

主成分分析には共分散行列を用いる方法、相関行列を使う方法がある。 sklearnのPCAを見ると、これに対応するオプションは存在しない。sklearn.decomposition.PCA — scikit-learn 0.20.1 documentation ずっと不思議に思っていたが、ググってたらこんなものを…

【python】sklearnのfetch_20newsgroupsで文書分類を試す(4)

前回は性能を追い求めると次元がでかくなりすぎて・・・というところで終わっていた。今回はもうちょっと頑張って次元を減らしてみる。 目次 ストップワードの除去 PCA(主成分分析)とLDA(線形判別分析) 分類 ソースコード 結果とまとめ 次回 過去の回 ス…

【python】LDA(線形判別分析)で次元削減

一般によく使われる次元削減手法としてはPCA(主成分分析)がありますが、他にLDA(Linear Discriminant Analysis:線形判別分析)を使う方法もあります。 これは本来は分類に使われる判別分析という古典的なアルゴリズムで、データが一番分離しやすくなる軸…

【python】sklearnのPCAでsvd_solverによる速度差を比較

sklearnのPCA(主成分分析)がやたら遅くて腹が立ちました。計算コストを下げるために次元削減してるのに、次元削減で計算コスト食ったら意味がありません。 とにかくこのPCAを高速化したかったので、svd_solverを変えてどうなるか試しました。なお、腹が立…